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总纲：
《九阴真经网络版》的故事背景取自明朝初年，这个时代是中国封建帝王势力的顶峰，有着高度集中的皇权和东厂、锦衣卫这些介乎于朝廷和江湖的各种势力。也是江湖武林从唐朝的雏形，到宋元的发展，至明朝形成前所未有的盛世。这个时代的中原政权稳定，使这个时期的江湖脱离了宋元时仅仅在于辅助军队作战的作用，形成了以武会友，崇尚个人武学的空前大发展，是一个最自由，最鼎盛的江湖。
时代起源于明朝洪武元年，明太祖朱元璋性格多疑，登基后正两兴大狱，诛杀功臣，为了巩固帝位，消灭随灭元而日渐强大的江湖势力而暗自布下众多锦衣卫隐入江湖，搜集天下武学以编撰号称武学总纲的《武定籍》，而这一宏伟的计划却在中途因太祖去世和明成祖朱棣的杀侄夺位而改变，而《九阴真经》等武学秘籍因此流落江湖，从而使这个时代的各类武学融会贯通并产生了武学的大革命，与此同时不仅是传统武学发生了演变而为之精进，还涌现出了以专克中原武学的西域武学，及逆修任督的燕门密宗等诸多势力，自此绚烂多彩的明朝武林展开序幕。
第一章，壮士大漠卒、妻儿百恨生：
一三七一年，大侠萧鸿万率领民间义士助朱元璋灭元，建立大明王朝后，又受其委托，前往漠北暗杀北元第一名将王保保。事成，萧鸿万却为掩护大家，受埋伏而死。众人冒生命危险抢到其尸身，带回中原与一处僻静祥和的桃源小村安葬。萧妻丁还凤怨众人只顾自己逃跑，未救得其夫性命，怀恨在心。彼时，萧鸿万长子萧天放正随丐帮长老习武，周游各地。丁还凤便带着九岁的次子萧天晴拜访故人——万苏山庄庄主萧千秋。萧昔日对丁一见钟情，念念不忘至今，且多年未娶。为使萧千秋将对其的关爱之心转移到次子身上，外柔内刚的丁还凤将天晴郑重托付给他后，自绝于萧家门前，以身殉夫。
第二章，君王腹中黑、侠客心胆寒：
侠士们回来后，朱元璋欲论功行赏，谋士刘基却与大家作了一次彻夜长谈，指出朱元璋此人只能共苦，不可同甘。次日，众人向朱元璋表明希望回归民间，过闲云野鹤的自由生活。一同请辞的，还有当年灭大元，远征漠北的名将郭伽。朱元璋佯允他们在大明疆土上任意走动，暗中却写下密诏，待政局彻底稳定后，暗中组织秘密机构将江湖势力一网打尽，以保大明太平。
第三章，圣域魔刀现、华山六圣出：
一晃，已经十七年过去，雪山圣域第一高手绿涯因修炼邪门武功《血海魔刀》被逐出师门，从此脱离雪山圣域，自称魔刀老祖。此年冬天，华山玉女峰比剑大会上诞生了六大当世高手，人称六圣。除追求至邪境界的魔刀老祖绿涯和亦正亦邪、玩世不恭的暗器高手黑白子外，其余四人皆随萧鸿万远赴漠北暗杀过名将王保保，彼此情同手足。九宫剑客出自九宫山，内功剑术天下第一。神僧玄鉴一人独习少林七十二绝技中的二十二技，是少林百年难得一见的武学奇才。名将郭伽精通兵法布阵，更曾得高人指点精妙无双的点穴功。而出身武林名门的世家高手林天南则凭着天下第四的武功和无可比拟的领导才华被众人推举为武林盟主。
第四章，齐心斗外域、同途却异路：
两年后，自成一脉体系的外域武林前来中原挑衅，六圣率领中原高手重挫外域武林的锐气，使其大败而归，六圣联手抗击外域武林，也成为江湖上一段津津
乐道的佳话。
只可惜，这是他们第一次，也是最后一次的联手。不久之后，魔刀老祖绿涯邪功登顶，成魔，凭借手中的百夜魔刀横行江湖，滥杀无辜，每日以百人之血喂刀，成为武林公敌。玄鉴神僧与绿涯曾有一战，因玄鉴心怀度化仁念，以一招惜败，从此江湖上更是闻魔刀老祖而色变。直到事隔一年，九宫剑客重出江湖，与魔刀老祖在紫禁之巅对决三天三夜，使出江湖上失传已久的绝学秘笈——《九阴真经》中的武功，将魔刀老祖打败，百夜魔刀亦随之损毁。魔刀老祖似有所悟，弃刀而去，半年后逝于大漠。
六圣只剩下五人，黑白子性情偏颇，行迹古怪，不屑于正邪两道。自与西域大轮寺火工头陀比武胜利后便不知所踪。九宫剑客此战之后，自封九宫老人，归隐九宫山。无数江湖中人前来寻访，奈何九宫山千峰险峻，万壑竟幽，众人竟是寻他不得。昔日的郭伽将军则以神机老人自诩，隐居蓬莱钻研奇门遁甲、五行八卦。不久之后，玄鉴神僧因痴迷藏经阁武学而耽误救人，愧疚之下自逐少林，远走他乡。六圣中，只有林天南仍然是武林的领袖。
不过那年，武林中又诞生了新的门派——君子堂。名动天下的万苏山庄“别情公子”萧别情，驭船入太湖赏月，偶遇绿衣小筑“玉笔先生”石砚冰，两人一见如故，成为挚友，并决定建立君子堂，用来结交与他们一样满腹才情且精通乐律舞技之人，同时将他们所悟武学倾囊传授。萧别情正是当年的萧天晴，只因养父与生父同姓而不为江湖人所知。此事，就连其亲生兄长，已经成为丐帮帮主的萧天放亦蒙在鼓里。萧别情自知其兄受丐帮大恩，未免使天放为难，便决意此生不再相认。另一方面，其受母亲影响甚深，认为所谓的名门正派皆是道貌岸然的伪君子，与之格格不入，君子堂因而成为继唐门世家之后又一大中立门派。
第五章，一朝君王易、一夜满门抄：
一三九八年，明太祖朱元璋崩，其孙朱允炆继位。着手大力削藩和打击江湖势力。洛阳秦王府资力雄厚、实力不俗。少王爷朱靖更是以武林人士自居，仗义疏财积极结交江湖高手一同抗衡朝廷，与各大派关系十分融洽。第二年，燕王朱棣不满朱允炆削藩，决定造反。同年，神僧玄鉴为度化雪山第二势力凌霄城城主，制止其暴虐行径，决意留在凌霄城中，做一名普通的扫地老人。雪山第一势力圣域却在那年冬天因为不愿加入神秘的邪道组织，不愿助其危害武林被一夜灭门。侥幸逃出的小孤女则被路过的侠士所救，带回收养。
第六章，恩将终仇报、一报还一报：
一四零三年，朱棣发动靖难之役，攻克京城登基为帝，为明成祖，年号永乐。朱棣执政过后，原想遵循朱元璋密诏，无奈此时的江湖势力网已经极为庞大，甚至与朝廷官员相连。朱棣于是安排精干谋臣化名混入江湖，以收集武林中各派资料为名，暗中蓄意破坏各派关系，生造事端，以求鹬蚌相争渔翁得利之效。此人依靠朝廷的资金控制了全国各地的大通钱庄，并雇用了一批实力非凡的探子为其收集武林机密。同时，此人更是将官场上的厚黑学带到江湖：先后散布唐家堡有绝密藏宝图和《九阴真经》秘籍在九宫山的谣言，紧接着又挑起十二连环坞与丐帮之战。继打击中立和邪派势力后，他又制造少林意图独步武林、武当峨眉联手与之抗衡的假象，企图彻底瓦解正派联盟。幸而有武林盟主林天南的存在，这场可能会掀起江湖巨波的阴谋才被揭开。
然而明成祖朱棣并未因此罢休，他安排锦衣卫作为秘密组织，暗中蓄力打压武林中人，并以最终铲除这股势力为目标。锦衣卫得势后颇为嚣张，行事更是趾高气昂不把旁人放在眼中，终于引来东厂的嫉妒与不满，东厂厂公侯显安排手下人四处拉拢锦衣卫得罪的官员，拟定了一份锦衣卫的罪证诬陷其意图造反。朱棣大怒，警告锦衣卫注意言行，却不信其谋反一事。然而没过多久，锦衣卫在收集江湖资料时发现武林前人留下的至邪武功修罗阴煞功。锦衣卫副统领皇甫遥向统领纪纲提议：如若修习此功，锦衣卫实力必远超眼下每日操练。然而，这种霸气十足的阴邪武功一旦修炼，心智便会发生变化。锦衣卫实力大增的同时，性情日益扭曲残暴，麻木不仁。锦衣卫的失控使得朱棣大怒，寻机将统领纪纲斩首。副统领皇甫遥见情况危机，带领锦衣卫连夜闯出京城，从此脱离朝廷，成为武林邪派。与此同时，盘踞在云梦泽一处小岛之上的神秘邪道门派极乐谷正随着组织势力的不断扩张开始驻足江湖，锦衣卫于是同其合作，以一统江湖为信念共同对付武林正派。
与此同时，洛阳秦王府在江湖的名望声势却是水涨船高，武林中甚至传闻林天南已着意培养秦王朱靖为自己的接班人......
第七章，螳螂欲捕蝉、黄雀紧随后：
一日，江湖上突然有《九阴真经》重现江湖的消息。正在苏州城的武林盟主林天南收到九宫老人的飞鸽传书，邀他至九宫山一聚。原来，九宫老人并无《九阴真经》，昔日他打败魔刀老祖所使的武功是一位南海高人所授。如今《九阴真经》重现江湖的传闻是事实还是阴谋，尚需仔细调查。
此时，林天南却带来另一个消息，他决定辞去武林盟主职位，并解散武林盟主体制。今后江湖各势力行动不再受盟主管辖。
原来，近来江湖上出现了一个势力十分庞大的幕后组合——密宗。密宗暗中拉拢江湖势力加入，如有不从，便如雪山圣域这般一夜灭门。而林天南最大的怀疑对象，竟然是江湖上享誉盛名的当世人杰，为大家所公认的盟主接班人！为避免其有独揽大权的可能，故而废除盟主体制，如此一来，得到自由的各门各派必定不愿再重新受人约束。另一方面，林天南自身也可空闲下来，详细追查密宗来历。言谈间，他将一位侠士引荐给九宫老人。原来这位侠士竟是曾与朱元璋争夺天下的大周皇帝张士诚之重孙。昔年，朱元璋军攻破平江前，张士诚将重孙张丹枫送往关外故友处，重孙女张丹灵则移名改姓，藏于洞庭湖一处秘密山庄。十七年过去，张丹枫在大漠长成了一名志向远大、满腹经纶的名士狂侠，而其妹张丹灵不但拥有名花倾国之貌，更是冰雪聪慧、果断决绝。
十七年后，这对历尽苦难的兄妹终于团聚，从小被灌输复仇意识的张丹灵满怀希望，能与兄长共谋复国大业。然而张丹枫为了民族大义、百姓安定，毅然放弃家仇，不但拒绝与外族联合，更散尽张氏宝藏，拯救饱受旱灾的百姓。张丹灵被彻底的激怒，一无所有的她凭借着不世之才，成为了秦王朱靖的军师，为其出谋划策。然而，她美丽的眼睛中，复仇的火焰从来不曾熄灭。
江湖，仍是江湖。各怀目的的人们开始了一场激烈的明争暗夺。只是谁也没有看见，在他们背后，有一股黑暗势力在不远处窥视着这一切，而他们，正深深地陷入腹背受敌的危机中……
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