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洪承畴投降以后，明朝不知道他已经变节，思宗闻之大震，辍朝特赐祭九坛，又命在都城外建立专祠，与巡抚邱民仰等一班忠臣，并列祠内。祭到第九坛的时候，崇祯帝御制祭文，将入祠亲奠，谁知洪承畴密书已到，略说：“暂时降清，勉图后报，”崇祯帝长叹一声，始命罢祭。阅书中有勉图后报之言，遂不去拿究承畴家眷。并因马绍愉等赴清议和，把松山失败的将官，一概不问。
且说马绍愉等到了清都，由孔有德等迎接入城，见了皇太极，设宴相待，席间叙起和议，相率赞成，彼此酌定大略。及马绍愉等谢别，皇太极赐他貂皮白金，仍命孔有德等送至五十里外。
马绍愉等回国先将和议情形，密报兵部尚书陈新甲，陈新甲阅毕，搁置几上，其家童误以为是塘报，交给各省驻京办事处传抄，事起泄露，群臣哗然，朝上主战的人，统弹劾陈新甲主和卖国，崇祯帝极为恼火，把奏疏压在宫中不发下。过后颁发一道严厉的圣旨，严厉批评新甲，要他自我解释。陈新甲不引罪自责，反自诩其功，崇祯更加愤怒。
时值给事中马嘉植又弹劾新甲，1642年七月二十九日，崇祯帝将陈新甲下狱，陈新甲从狱中上书乞宥，崇祯不许。陈新甲只得贿赂高层，给事中廖国遴、杨枝起等多方营救，大学士周延儒、陈演亦大力援救，都以失败告终。九月二十二日陈新甲被斩于市。
原来陈新甲因为南北交困，与崇祯帝密商和议，崇祯帝依新甲言，只是要顾着面子，嘱守秘密，不可声张。崇祯帝在把议和一事交给陈新甲以后，和他手诏往返过几十次，都告诫他不要泄漏出去，后又以马绍愉等出使，廷臣尚未闻知。旋因家童无意间泄露消息及和议发抄，崇祯帝恨陈新甲不遵谕旨，又因他出言挺撞，激得恼羞成怒将他斩首。从此明清两国的和议，永远断绝了。
1642年（明崇祯十五年、清崇德七年）冬，皇太极发动了生前最后一次攻明之战。这次进军的统帅是努尔哈赤第七子大将军阿巴泰。两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁墙而入，长驱南下，至山东兖州。
十二月八日，清军攻至兖州，各将分门死守，力不支，城破。驻守兖州的鲁王朱以派，系明廷宗室，仰药自尽。乐陵、阳信等郡王皆死，兖州知府邓藩锡战死。后清军又攻破三府、十八州、六十七县，败明军三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物，此外明朝殉难的官民，不可胜计。
此时明朝山海关内外设两总督，昌平、保定又设两总督，宁远、永平、顺天、保定、密云、天津六处，设六巡抚，宁远、山海、中协、西协、昌平、通州、天州、保定设八总兵，在明廷的意思，总道是节节设防，可以无虞，谁知设官太多，事权不一，个个观望不前，一任清兵横行。阿巴泰从北趋南，从南回北，简直是来去自由，毫无顾忌。
明廷乃惶急的了不得，拣出一个大学士周延儒，督师通州。这周延儒还真是个龌龊人物，当他赶到通州时，清军东起津门，西至涿鹿，横亘三百余里，车载骡驮，浩浩荡荡，然而明军只是在远近城楼日夜不停地鸣炮恫吓而已。周延儒在通州城内，每天忙于和幕僚、随从、统兵将帅饮酒作乐，勤王四总兵刘泽清、唐通、周遇吉、黄得功，轮流在绛色幕帐内大摆筵席，宴请周延儒及随征四臣（方士亮、蒋拱宸、尹民兴、刘嘉绩），四臣又回请四总兵“陪酌”周延儒，大家都置战事于不顾。每天午后，督师衙门为了应付门面，开门办公，收受公文，然后早晚两次向宫中飞报“大捷”，最后还收取诸将贿赂，为他们叙功。
周廷儒于1643年五月还朝后，崇祯帝还欲加封他为太师，但其督师期间的行径随即由锦衣卫都督骆养性等密告于崇祯帝，因而被勒令致仕回乡。不久，言官雷演祚、郝?、蒋拱宸等揭发其招权纳贿、结交内侍，触怒崇祯帝，周延儒被再召至京师，于崇祯十六年十二月（1644年1月）赐死，时年五十五岁。
却说阿巴泰一共攻克八十八城，逼降六城，俘虏人口牲畜九十二万，掠得黄金一万二千两、白银二百二十万两。还略沧州、天津、三河、密云。于1643年（明崇祯十六年、崇德八年）五月，全师由墙子岭退军回师，皇太极闻阿巴泰凯旋，派遣济尔哈朗、多尔衮等于盛京郊外三十里迎接阿巴泰大军，并照例的论功行赏，摆酒接风。酒过数巡，是夕皇太极竟发起寒热，头眩目晕。次日，宣召太医入宫诊视，一切朝政，命郑亲王济尔哈朗、睿亲王多尔衮暂行代理，倘有大事，令多尔衮到寝宫面奏。又数日，皇太极病势越重，医药罔效，后妃人等，都不住的前来谒候。多尔衮手足关怀，每天也入宫问候几回。
八月初九日，皇太极猝死于盛京后宫，年52岁，万人缟素，全国哀号。皇太极在生前并没有指定皇位继承人，一场激烈的权力角逐正悄悄展开。福临的异母长兄豪格和叔叔多尔衮争位，多方利益权衡之下，最终多尔衮扶立福临继位。
最后皇位落在了只有六岁的福临身上，或许是多尔衮从大局出发，为避免内乱而作退让。但促成这一举动的，还有一个不可忽略的因素——庄妃的幕后活动。庄妃是否笼络多尔衮，官修的史书实录没有留下任何记载，私家着述也没有留下更多的记录。
单说福临，时年六岁，于八月二十六日嗣位，行登极礼，六龄幼主，南面为君，倒也气度雍容，毫不胆怯。登极这一日，由叔父睿亲王多尔衮及郑亲王济尔哈朗两位亲王，率内外诸王贝勒贝子及文武群臣朝贺，行三跪九叩首各仪。当由阁臣宣诏，尊皇考为太宗文皇帝，嫡母生母庄妃并为皇太后，以明年为顺治元年。王公大臣以下，各加一级。王公大臣复叩首谢恩。新皇退殿还宫，王公大臣各退班归第。自是皇太后博尔济吉特氏，因母以子贵，居然尊荣无比；但她是聪明绝顶的人，自念孤儿寡妇，终究未安，不得不另外画策。
终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有他们扫清道路，也就不可能有后来的清兵入关。