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却说多尔衮在北京城升殿入座，摆设前明銮驾，鸣钟奏乐，刚离朝回宫，忽由部将呈上密报，多尔衮一瞧，即召入范文程、洪承畴并递阅密报。范文程道：“福王朱由崧在南京监国，将来定与我为难，这事颇要费手。”
洪承畴道：“朱由崧是个酒色之徒，不足深虑，只是南京兵部尚书史可法，素具忠诚，未知他曾任要职否？”
多尔衮道：“洪先生谅识此人。”
承畴道：“他是祥符县人，素来就职南京，所以不甚熟识。唯他有一弟在京，日前已会晤过了。”
多尔衮衮道：“最好令其弟招降了他。”
承畴道：“恐他未必肯降。但事在人谋，当先与商议便是。”多尔衮点头，二人随即退出。
过了数日，由探马报称明福王称帝南京，改元弘光。
南明建立这事还要从正月说起，当时农民军进攻怀庆，朱由崧遂逃亡到卫辉投奔潞王朱常淓。朱常淓是明穆宗朱载垕之孙，明神宗朱翊钧侄，潞简王朱翊镠第三子，于万历四十六年（公元1618年）闰四月袭封潞王。三月初四，卫辉也有农民军进攻的警报，朱由崧随潞王朱常淓逃往淮安，与南逃的周王、崇王一同寓居于湖嘴舟中，后福王朱由崧上岸，住在杜光绍园中。
三月十九（阳历四月二十五日）李自成攻陷北京，崇祯帝在煤山自缢殉国的消息传至淮安。崇祯帝在北京殉国后，留都南京以及南方各省仍在明朝的控制之下。四月，南京诸臣皆认为国家不可一日无君，议立新帝。但对帝位谁属则有一番论战。
从血统上来说，明光宗朱常洛（明神宗朱翊钧长子）有天启帝朱由校、崇祯帝朱由检二子，天启帝朱由校无子，而崇祯帝朱由检也殉国了，崇祯帝的太子及永、定二王又陷入李自成及清兵之手，所以应从明神宗万历帝朱翊钧诸子中选择，也就是明光宗朱常洛的弟弟中选择一个继承皇位。
福王朱常洵为明神宗第三子，朱由崧为朱常洵长子，身在南京附近的淮安，因此在崇祯太子及定、永二王无法至南京继位的情况下，福王本为第一顺位。然而东林党人却持相反意见，以东林领袖钱谦益为首，以立贤为名，主张立明神宗之侄潞王朱常淓。史可法并称福王“在藩不忠不孝，恐难主天下”。
但潞王朱常淓血统偏远，自然缺乏继立的理由。但他的贤名为他赢得了许多人的同情和支持。当时政治以内阁负责，即使皇帝不能处理朝政，负责的臣下仍可以维持政治机构的正常运转。以局势而论，留都诸臣需要的只是一个形式上的精神领袖。而并不一定非要雄才大略的贤君不可。
于是大批的野心家趁机上下其手，借拥立争功。朱由崧在原总督京营太监卢九德的帮助下，直接向雄踞江北的三镇总兵求助。高杰、黄得功本就是野心勃勃的流窜军阀，见有“定策拥立”的大买卖可做，真是无本而有万利的好机会。于是一拍即合，甩开他们的顶头上司——正与史可法密商的凤阳总督马士英。做起了定策元勋。消息传到南京，所有人无不大惊失色。马士英老于官场，见自己部将窝里反，想来争也没用，连忙向朱由崧表白心迹，成为从龙文臣第一人。
崇祯十七年、顺治元年（1644年）四月二十六日，张慎言、高弘图、姜曰广、李沾、郭维经、诚意伯刘孔昭、司礼太监韩赞周等在朝中会议，李沾、刘孔昭、韩赞周议立福王，议遂定以福王继统，告庙并修武英殿。凤阳总督马士英与江北四镇黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清等人前往淮安迎接朱由崧。四月二十七日，南京礼部率百司迎福王，四月二十八日，朱由崧至浦口，魏国公徐弘基等渡江迎接。史可法一开始还蒙在鼓里，指手画脚的不服，随即马士英便带领大军杀气腾腾的护送朱由崧来到南京浦口。大势已定，满心悔恨的史可法和东林党人也只好接受这个现实了。
四月三十日，南京百官迎见朱由崧于龙江关舟中，请其为监国。朱由崧身穿角巾葛衣，坐于卧榻之上，推说自己未携宫眷一人，准备避难浙东。众臣力劝，朱由崧同意。
五月初一，朱由崧骑马自三山门环城向东，拜谒孝陵和懿文太子陵，随后经朝阳门入东华门，谒奉先殿，出西华门，以南京内守备府为行宫。五月初二群臣至行宫劝进，朱由崧以太子及定王、永王不知下落，且瑞王、惠王、桂王均为叔父行，应择贤迎立。诸臣再三劝进，朱由崧根据明代宗即位的故事监国。同日，清摄政王多尔衮进入北京。五月初三庚寅自大明门入大内，至武英殿行监国礼。
五月十五日，朱由崧即皇帝位于南京紫禁城武英殿，年号弘光，以次年为弘光元年。其国号依旧为“明”，史称“南明”。户部尚书高弘图与史可法、马士英等被推入阁，史可法仍掌兵部事，马士英仍督师凤阳。